基于Nios II的MRI脊柱圖像分割系統(tǒng)
DE1上沒有網(wǎng)絡(luò)接口的功能,為了增強系統(tǒng)的可擴展性,我們自行設(shè)計了網(wǎng)絡(luò)接口板,通過DE1的擴展口連接接起來,這樣就使得開發(fā)板就有網(wǎng)絡(luò)功能??紤]到擴展口IO口有限,我們還需要使用IO連接LCD顯示屏,一次選用IO口數(shù)量相對較少的網(wǎng)絡(luò)芯片dm9000a。在發(fā)數(shù)據(jù)上,我們是開發(fā)板以定時的方式發(fā)數(shù)據(jù),在PC機上以查詢方式收數(shù)據(jù)。網(wǎng)絡(luò)使用上,發(fā)數(shù)據(jù)是借助ucosII 的驅(qū)動程序?qū)崿F(xiàn)的,收數(shù)據(jù)是在網(wǎng)絡(luò)第二層以中斷方式實現(xiàn)的。
本文引用地址:http://m.ptau.cn/article/83229.htm5. 圖象處理算法實現(xiàn):
典型的人體脊椎有24塊骶骨前(pre-sacral)椎骨,將其結(jié)構(gòu)劃分,頸部的椎骨(Cervical)7塊, 胸部的椎骨(Thoracic)12塊,腰部的椎骨(Lumbar)5塊。所以在我們的脊椎矢狀圖中,相應(yīng)的典型的圖像中可見的椎間盤有23塊,分別是C2-3、C3-4、C4-5、C5-6、C6-7、C7-T1、T1-2、T2-3、T3-4、T4-5、T5-6、T6-7、T7-8、T8-9、T9-10、T10-11、T11-12、T12-L1、L1-2、L2-3、L3-4、L4-5、L5-S1。
本算法的目標(biāo)是將可見的椎間盤進行量化標(biāo)志,并且對不清晰的椎間盤進行預(yù)測估計,也將其標(biāo)出。算法采用基于uc/osII操作系統(tǒng)編寫的c程序?qū)崿F(xiàn),加上我們移植的ucgui和ucfs,實現(xiàn)了具有良好的人機交互性的MRI脊椎圖像分割系統(tǒng),易于系統(tǒng)的推廣應(yīng)用。
具體算法分為3步:
(a) 圖像的預(yù)處理(Preprocessing): 由于原始的核磁共振圖像對比度比較低,視覺效果非常不清晰,所以首先要進行圖像質(zhì)量的改善,增強椎間盤的可見度。以下兩圖為預(yù)處理前后的對比。
該步驟中的圖像中值濾波部分比較耗費時間,可喜的是該部分程序非常適合采用c2h工具進行算法加速,加速前后的時間對比如下:
預(yù)處理前 預(yù)處理后
(b) 脊髓的提?。⊿pinal Cord extraction): 脊髓在脊柱核磁共振圖像中是一個明顯的典型的部分,可以為椎間盤的定位提供方向性的信息,應(yīng)用統(tǒng)計模式識別的模式匹配的方法,進行脊髓的提取。這里我們僅進行上半身的脊髓的提取,是因為上半身的脊髓曲線因人而異的變化比較復(fù)雜,而下半身的則可以根據(jù)上半身進行預(yù)測。
左下圖中的紅線是提取出來的上半身的脊髓。這部分的算法相對于其他部分來說比較耗時,但是從目前的算法結(jié)構(gòu)上看并不適合使用C2H 進行加速,考慮到我們的算法會進一步優(yōu)化,因此沒有采用其他的方式進行算法加速,我們將在今后的工作中從算法結(jié)構(gòu)和加速實現(xiàn)方式上完善本系統(tǒng)的功能。
脊髓提取圖像 椎間盤定位圖像
(c) 椎間盤的探測(Disks Detection): 對每個椎間盤進行定位,并將其標(biāo)注。見右上圖,紅點代表定位的椎間盤,由黃線引出進行標(biāo)注。
我們運用SOPC的設(shè)計理念,成功的完成了本系統(tǒng)的設(shè)計任務(wù),基本完成了預(yù)先設(shè)置功能。在系統(tǒng)設(shè)計過程中,SOPC概念在以下幾個方面得到了體現(xiàn):
甲、 系統(tǒng)的可重構(gòu)性
由于Nios II是軟核處理器,具有可裁剪的特性。因此對于我們設(shè)計的系統(tǒng)具有廣闊的升級空間,比如,因為時間的原因,一些適合FPGA硬件實現(xiàn)的算法我們采用的c程序?qū)崿F(xiàn),速度受到限制,在后續(xù)的工作中我們可以在不更改硬件平臺的情況下升級我們;還有就是目前的顯示屏像素值不夠,編寫不同的LCD控制器便能夠兼容同類型的LCD顯示,這些都是SOPC給我們帶來的系統(tǒng)可重構(gòu)優(yōu)點。
乙、 系統(tǒng)設(shè)計模塊化
系統(tǒng)設(shè)計過程是個團隊密切協(xié)作分工合作的過程。普通的嵌入式處理器平臺設(shè)計必須針對特定的處理器進行設(shè)計,硬件工作完成后才能夠進行軟件調(diào)試。但是Nios就不同了,只要是能夠支持Nios 的Altera 的 FPGA芯片,在其他 FPGA平臺上進行調(diào)試是沒有任何區(qū)別的。這樣能夠使得設(shè)計過程的軟硬件工作同步進行,在實際產(chǎn)品的設(shè)計過程中,就可以將市場拓展和產(chǎn)品研發(fā)同時啟動,縮短了整個產(chǎn)品的面世周期,這對企業(yè)無疑具有無可估量的意義。
丙、 實現(xiàn)方式多樣化
利用SOPC概念進行系統(tǒng)設(shè)計的時候,系統(tǒng)實現(xiàn)方式是多種多樣的,比如要實現(xiàn)一個算法的加速你可以采用自定義用戶指令、自定義用戶外設(shè)或者C2H 的方式實現(xiàn),通過比較找到最佳的實現(xiàn)方式。
六. 設(shè)計特點
基于Nios II的MRI脊柱圖像分割系統(tǒng)具有運算速度快,體積小,操作簡單,易于同原有的MRI設(shè)備共建形成一個新的完整的系統(tǒng),且便于醫(yī)生們使用分割后的圖像進行集體會診。
1. 基于Nios II處理器的ucosII操作系統(tǒng)的引入,ucosII在世界范圍內(nèi)得到廣泛的應(yīng)用、包括諸多領(lǐng)域,如手機,路由器,集線器、飛行器、 醫(yī)療設(shè)備等等。uC/OS適合小型控制系統(tǒng),具有執(zhí)行效率高、占用空間小、實時性能優(yōu)良和可擴展性強等特點。Nios II的開發(fā)環(huán)境IDE下已經(jīng)集成了該操作系統(tǒng),免去了移植工作,非常方便,在使用過程中發(fā)現(xiàn),在Nios II運行基于ucosII及任務(wù)時非常穩(wěn)定。本系統(tǒng)的軟件開發(fā)均在Nios II集成的μc/os-II操作系統(tǒng)上面完成。
2. 系統(tǒng)引入了ucGUI,系統(tǒng)具有了非常好的人機交互性,只需要使用鼠標(biāo)就能操作實現(xiàn)該系統(tǒng)所有的功能。這對于本系統(tǒng)的推廣有著很大的幫助。
3. 系統(tǒng)設(shè)計時考慮到大量MRI圖像存儲的問題,采用大容量的SD卡就解決了這方面的問題,得益于Nios 軟核處理器的優(yōu)勢,我們非常方便了加入了四線制的sd卡控制器,提高了sd卡讀取速度。同時我們移植了對應(yīng)于sd卡ucFS文件系統(tǒng),大大方便了對文件訪問操作。
4. 基于ucosII 操作系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)接口,使得我們的系統(tǒng)具有了很強的可擴展性。同時網(wǎng)絡(luò)的支持也可以使得我們保持圖像的更新和對遠程醫(yī)療的良好支持。
5. Nios II提供一系列的處理器成員,用戶可以針對本身系統(tǒng)的需求,創(chuàng)建一個在處理器、外設(shè)、存儲器和I/O接口方面的完美的方案,這樣,既能提供合理的性能組合,另一方面也節(jié)省了系統(tǒng)開發(fā)的成本,增強了系統(tǒng)在成本上的競爭力。
6. NiosⅡ提供的C2H編譯器能夠?qū)π阅芤筝^高的C語言程序自動轉(zhuǎn)換為硬件加速器,集成到基于FPGA的NiosⅡ子系統(tǒng)中,對我們提高系統(tǒng)運行速度提供了有利的支持。
七. 總結(jié)
我們本次大賽的設(shè)計作品“基于Nios II的MRI脊柱圖像分割系統(tǒng)”按照預(yù)定計劃完成了設(shè)計的全部任務(wù),實現(xiàn)了系統(tǒng)的功能,在一些細節(jié)上我們還需要努力改進。大賽過程中我們學(xué)到了很多新的有關(guān)Nios II處理器的支持,首次嘗試了醫(yī)學(xué)圖像方面算法在Nios II嵌入式處理器實現(xiàn)的方式,體現(xiàn)了Nios II處理器強大處理功能和可靠的運行特性。積累了在Nios II上使用uc/osII、ucGUI、ucFS的使用經(jīng)驗。調(diào)試過程中,出現(xiàn)了的不少問題在團隊協(xié)作的力量下,我們一一將它們克服。
Nios Ⅱ軟核系統(tǒng)的性能是可以根據(jù)應(yīng)用來進行裁減的,定制用戶自己的系統(tǒng),與固定的處理器相比,具有很強的優(yōu)勢。Nios II的用戶邏輯功能和用戶指令突現(xiàn)Nios II處理器的技術(shù)亮點,提供了系統(tǒng)實現(xiàn)的多樣化特點。對于學(xué)生來說,SOPC設(shè)計理念帶來的就是創(chuàng)新的設(shè)計思想。有利于激發(fā)我們的創(chuàng)新性。
感謝Altera公司為我們提供了非常好的理論與實現(xiàn)相結(jié)合的時間機會,通過大賽,驗證了我們設(shè)計的算法硬件實現(xiàn)可行性!對于我們的理論研究也具有相當(dāng)?shù)拇龠M作用。
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